Систематика (наука о "естественном" делении разнообразия живых организмов на таксоны - виды, роды, семейства, отряды, классы, типы и т.д.) появилась, как известно, задолго до "торжества эволюционного учения". Таксоны изначально мыслились как отражение структуры Божьего замысла или гармонии природы. Эволюционные идеи "приделали" к систематике позже. Стали считать, что сходство организмов, входящих в один таксон, объясняется общностью происхождения (в абсолютизированном варианте - происхождением от одной и той же пары особей). Забавно, что несмотря на такое радикальное переосмысление сути систематики, сама sistema naturae при этом почти не изменилась: типы, классы, отряды и т.д., выделенные и описанные как элементы Творения, остались теми же, только теперь вместо Творца их единство стали объяснять Общим Предком. Ну, это не ново. Некоторые австралийские аборигены до сих пор объясняют свою племенную общность происхождением от одного Великого Прародителя - Большого Кенгуру.

Отличный текст В.А.Красилова о систематике и ее отношении к эволюции, о реальности таксонов.

П. Тейяр де Шарден о соотношении эволюции и систематики (из кн. "Феномен человека")

Фундаментальный труд А.П.Расницына                "Процесс эволюции и методология систематики".
 

Да не подумает читатель, что я отрицаю генеалогическое единство таксонов. Оно подтверждается огромным множеством фактов: и палеонтологических, и молекулярных, и сравнительно-анатомических, и эмбриологических. Но только нельзя идею доводить до абсурда, как это делают сторонники "филогенетической систематики" и ее самого популярного направления - кладизма (ставшего в последнее время единственно дозволенным способом систематики на Западе). Кладисты считают, что "естественным" можно считать только такой таксон, который включает всех потомков одного-единственного общего предка (ну, или в крайнем случае - пары предков у раздельнополых организмов). Если предков больше - таксон считается "полифилетическим" и должен быть разделен. Например, если млекопитающие произошли не от одного вида рептилий, а от трех или четырех близкородственных видов, развивавшихся параллельно, то класс млекопитающих полифилетичен, и его необходимо разделить соответственно на три или четыре равноправных класса. Более того, если млекопитающие произошли от рептилий, то, следовательно, класс рептилий не включает всех потомков своего общего предка (ведь млекопитающие - тоже его потомки). Следовательно, рептилии - парафилетичны, не представляют собой естественного таксона и должны быть раздроблены, частью объединены с млекопитающими, частью перегруппированы самым причудливым и явно насильственным образом.

Сильно затрудняет последовательное применение кладистических принципов и такое явление, как гомологические ряды наследственной изменчивости.

Н. И. Вавилов. Закон гомологических рядов в наследственной изменчивости.

Начальный курс кладистики (англ.)

Смелая альтернатива кладизму: периодическая система артропод В.Я.Павлова

Критика эволюционного подхода к систематике в работе А.А.Любищева "Критика исторического понимания системы организмов"

Л.П.Татаринов. Кладистический анализ и филогенетика.

Кладизм не учитывает, что крупнейшие прогрессивные преобразования (такие, как появление покрытосеменных или млекопитающих) обычно совершаются не одной, а несколькими параллельными эволюционными ветвями, что параллелизмы (в том числе и очень глубокие) при становлении новых крупных таксонов - не исключение, а норма.

Вообще, если честно, обширная философская дискуссия вокруг принципов биологической систематики мне не очень интересна. Таксоны интересуют меня лишь постольку, поскольку они являются реальными природными объектами (системами), отражают какую-то объективную реальность. Во всех остальных отношениях - хоть горшком назови.

А представляют ли таксоны объективную реальность? В большинстве случаев - да (конечно, если это не какой-нибудь кладистический шедевр вроде "птицекрокодилов"). Реальность таксонов определяется, во-первых, тем, что биологическое (морфологическое, физиологическое, генотипическое) разнообразие действительно обладает ярко выраженной структурой, оно не аморфно и не непрерывно, в нем есть четкие кластеры; большинство таксонов как раз соответствует таким кластерам, т.е. это группы сходных между собой организмов, достаточно четко отграниченные от других подобных групп.

Основополагающая работа по этой теме:

В.В. Черных. Проблема целостности высших таксонов. Точка зрения палеонтолога. 1986.

Обзор проблемы реальности таксонов в работе А.А.Любищева "О критериях реальности в таксономии"

Во-вторых, реальность многих таксонов определяется единством адаптивного типа. Представители таксона обычно занимают сходные экологические ниши, образующие в совокупности то, что принято называть адаптивной зоной таксона. Структура ниш - тоже не аморфна и не непрерывна, здесь тоже есть четкие кластеры, и эти экологические кластеры в большинстве случаев достаточно точно соответствуют морфофизиологическим.

А еще несостоятельность "чисто филогенетической" систематики следует из фактов сетчатой эволюции и горизонтального переноса.

В третьих, и это главное, естественные таксоны обычно характеризуются эволюционным единством. В их развитии часто можно выделить характерную последовательность фаз ("филогенетический цикл"): рост, расцвет, упадок. Эволюционное единство таксона определяется единством плана строения (который довольно жестко предопределяет возможные направления дальнейшей эволюции); его еще можно назвать единством эволюционно-экологических возможностей. Сходство эволюционных возможностей приводит к тому, что между близкородственными видами в процессе эволюции складываются иные, более тесные взаимоотношения, чем между видами неродственными. Например, если какой-то вид вымирает, его освободившуюся нишу скорее всего займет ближайший родственник. В результате формируется механизм обратной связи: вымирание части видов таксона стимулирует формирование новых видов в том же таксоне; получается динамическая система, поддерживающая в какой-то мере собственный гомеостаз. Только такие таксоны - системы, обладающие морфологическим, экологическим и эволюционным единством, представляют реальный интерес для эволюциониста.

Наш обзор по эволюции таксонов и филогенетическим циклам

Описание стандартного филогенетического цикла в работе А.В.Маркова и Е.Б.Наймарк

Сводная схема  филогенетических циклов в работе А.С.Раутиана.

Как менялось разнообразие (число видов, родов, семейств и т.д.) морских животных в течение фанерозоя: статья А.В.Маркова